Sus fines y objetivos están basados en la tradición que tenía el jardín particular que lo originó; tomando en cuenta conceptos conservacionistas que sustentan la mayoría de los jardines botánicos en el mundo, para defender la integridad de la flora y fauna existente en el jardín y los bosques que tiene bajo su protección; y con ello implementar programas educativos, científicos y prácticos.
No recibe ningún subsidio ni ayuda gubernamental, ni donativos de entidades fuera de El Salvador; manteniéndose con las contribuciones por: Ingreso al parque, membresías, cursos de jardinería, servicio de mantenimiento de jardines y venta de plantas.
Es administrado por la Asociación Jardín Botánico La Laguna; legalmente constituida en 1976 como entidad privada, apolítica, no lucrativa, ni religiosa. Sus nuevos estatutos y acuerdo ejecutivo No.111, fueron aprobados y publicados en el Diario Oficial No. 122, tomo 360 el 3 de Julio de 2003.